新选组目前下辖4个部门——

　　拔刀队（负责街头巷战、野外冲锋等近身战）。长官为“副长”。

　　都察局（负责监察队士）。长官为“局长”。

　　总务司（负责处理行政工作）。长官为“总长”。

　　财务室（负责掌管财政及后勤）。长官为“室长”。

　　凌驾在这4位长官之上的，便是大权独揽的新选组总队长。

　　除此以外，还有不负责具体事务，只负责给总队长出谋划策的“参谋”一职。

　　拔刀队下辖10支番队，每支番队各有“队长”1名、“副队长”1名、“队士”若干。

　　都察局下辖基层职务：“目付”。

　　总务室下辖基层职务：“支配”。

　　财务室下辖基层职务：“勘定”。

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　　新选组的组织架构（截至最新章）

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　　最高管理层——

　　【京畿镇抚使、新选组总队长】：橘青登

　　【副长】：土方岁三

　　【局长】：近藤勇

　　【总长】：山南敬助

　　【室长】：（暂时空缺）

　　【参谋】：清河八郎

　　拔刀队的10支番队——

　　【一番队队长】：冲田总司

　　【二番队队长】：永仓新八

　　【三番队队长】：斋藤一

　　【四番队队长】：芹泽鸭

　　【五番队队长】：新见锦

　　【六番队队长】：井上源三郎

　　【七番队队长】：千叶佐那子

　　【八番队队长】：藤堂平助

　　【九番队队长】：木下舞

　　【十番队队长】：原田左之助

　　……

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　　新选组群英的武器（截至最新章）

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　　橘青登：毗卢遮那（打刀）、定鬼神（打刀）、曼荼罗（左轮手枪）、伊瑟咤缚日罗（弓）

　　近藤勇：长曾弥虎彻（其实是源清麿）、浓州关住兼家

　　土方岁三：和泉守兼定

　　山南敬助：云州住家贞

　　冲田总司：加贺清光

　　永仓新八：播州住手柄山氏繁

　　斋藤一：摄州住池田鬼神丸国重

　　井上源三郎：奥州白河住兼常

　　藤堂平助：上总介兼重

　　原田左之助：奈落贯（长枪）

　　木下舞——越前康继（胁差）、九天暗黑大异魔（左轮手枪）

　　佐那子——池中月（薙刀）