朱温攻打寿州，没攻下来。二月份回兵大梁，去摆平朝廷事务了。他留下汴军大将曹延祚与杜洪共守鄂州。杨行密一看机会又来了，于是派刘存带兵攻打鄂州。二月十一日刘存攻下鄂州，生擒了杜洪和曹延祚，把他们送到广陵砍了头。杨行密任命刘存为鄂岳观察使，防守鄂州。刘存也是杨行密手下一员骁将，在淮南积功至舒州团练使。他命令兵士火烧鄂州城，等鄂州兵马逃出，不立刻进攻，他对部将说：“如果现在急攻，敌人会退回鄂州，再攻击增加困难。”他在城外选择地点与鄂州兵决战，一举击败杜洪与曹延祚。这次战斗仍是淮南军得胜。
昭宗皇帝被弑驾崩，无论唐朝廷如何羸弱也得给先皇举办一个比较像样的葬礼吧。二月二十日唐朝廷在朱温的首肯下，为唐昭宗李晔举办了隆重的葬礼。昭宗李晔在朝中臣子和昭宣帝等宗亲的护卫下被葬在了缑氏县（在洛阳东）的懊来山下，改懊来山为太平山，陵园命名为和陵。宰相柳璨撰《哀册文》，宰相裴枢撰《谥册文》，太常卿王溥撰《谥议》谥号为圣穆景文孝皇帝，庙号昭宗。李晔是唐朝最后一位以国家丧礼安葬的皇帝。
老皇帝下葬，新皇帝登基，当然要有一番人事变动。这次人事安排主要要看朱温的意愿了。三月十九日，朝廷任命门下侍郎、同平章事孤独损仍为同平章事，充静海节度使；任命礼部侍郎张文蔚同平章事。二十五日又任命门下侍郎、同平章事裴枢为左仆射，崔远为右仆射，一并停止参与政事。
昭宗掌政时还提拔了一位有名的文人，此时也是宰相，此人就是柳璨，任右谏议大夫中书门下侍郎同平章事。柳璨可谓是文人无行的典型，昭宗在时喜欢与文人交往。刘璨少年丧父，家贫，年轻时读书很用功，后来曾写过《史通析微》等文章，得到昭宗赏识，考中进士后四年就被提升为宰相。柳璨看到朱温把持了朝政，朝廷中都是朱温安排的人，于是就开始巴结朱温，对于朱温安排在昭宣帝周围的心腹亲信也是尽力奉承。而孤独损、裴枢、崔远三位宰相级人物都是朝廷勳旧，他们都看不起柳璨的这种行为，柳璨也暗恨其余三人，总是在朱温面前说他们的坏话。
吏部侍郎杨涉为人敦厚恭谨，也被提名同平章事成为宰相。他不但不高兴，反而与家人相对而泣，对他的儿子说：“这是我们家门的不幸，肯定会使你们受到牵连。”
四月十二日，天空有彗星出现在西北方。到五月初七彗星的长度竟然贯穿整个天空。有占卜者说：“这种天象主君臣都有灾难，应该杀人以应天象。”诡异的天象给了想杀人者借口，第一个想杀人的人应该是朱温。他已经对朝中这些结成邦派指手画脚的大臣不能忍受。再一个就是柳璨，他想借机报复，杀掉那些敢于藐视他的人。柳璨拟了一张名单给朱温，并说：“这些人聚集在一起横加议论，发泄不满。应该拿他们开刀，以遏止天灾。”李振也对朱温说：“朝政之所以不能治理，就是因为有这些官场轻浮浅薄之徒紊乱法纪，况大王欲图大事，这些人都是朝廷中难于制服之人，不如把他们一起除掉。”朱温听了他们的话，觉得和自己的想法一致，于是开始行动。
五月十五日，朱温上疏昭宣帝李柷，贬独孤损为棣州刺史；裴枢为登州刺史；崔远为莱州刺史。十七日又贬吏部尚书陆扆为濮州司户；工部尚书王溥为淄州司户。二十二日贬太子太保已经退休的赵崇为曹州司户；兵部侍郎王赞为潍州司户。自此以后朝廷每日都有大臣被贬斥，那些门第高贵，或者由科考进身，位居高位而名声显赫的大臣都被指责为浮薄遭到贬谪。二十三日又贬裴枢为泷州司户；独孤损为穹州司户；崔远为白州司户。
六月初一，朝廷发下敕令，裴枢、独孤损、崔远、陆扆、王溥、赵崇、王赞等赐在各自所处的地方自尽。这时朱温早就准备妥当了。他命令军士把这三十名朝廷高官绳捆索绑驱赶到了黄河边上的白马驿，一夜之间把这些人都杀掉了。李振由于屡次科考不中，因此对这些高官特别痛恨。他对朱温说：“这些人自称为清流，应该把他们投进黄河，使之成为浊流。”朱温笑笑，就命令士兵把这些人都投入了黄河。
在这次白马驿之祸惨剧中，杀人的主使人当然是朱温。朱温的主要目的是要夺取李唐王朝的政权，自己登上九五之尊帝王之位。封建时代改朝换代总要伴随着无情的杀戮，无数无辜的人会成为新朝建立的殉葬品，裴枢、独孤损等人只是这些殉葬人中的一小部分而已，但又因为他们是朝中重臣，是哪个时代的精英，他们的死又有其特殊性，在社会上引起了很大震动。
随着社会的动荡，王朝的兴衰也会有不少的沉渣泛起，某些人为了不可告人的目的而助纣为孼残害自己的同类，柳璨、李振就是这样的人。柳璨在杀掉这三十几位朝中大臣后仍觉得不够，他觉得还有十几个人是他的仇人应该杀掉，在张文蔚的劝阻下才罢手。李振则是在汴州和洛阳之间奔走，为朱温杀人效劳。每次李振来到洛阳必定会有大臣被贬斥放逐，人皆称之为鸱鸮。自从白马驿之祸后，柳璨等把持朝政，士大夫为避祸皆不敢入朝，昭宣帝小皇帝只好完全听从朱温摆布，九王被杀也好，朝臣被投入黄河也好，他毫无办法，只能和何太后在宫中暗自相对而泣。
朱温杀人这时已经毫无道理。据传有一次他与左右官员出外游玩，与一些游客游玩累了，坐在一棵柳树下休息。朱温看着那棵大柳树说：“这棵树可以做车毂。”大家都知道柳木不能做车榖，很多人就没有答话。也有不少人见朱温这样说，于是便附和道：“可以做车榖。”没想到朱温脸一沉马上说：“你们这些书生胡说八道，车榖需用夹榆，柳木怎么能做车榖呢！”说完就命令左右动手将那些说柳木可以做车榖的人全部扑杀。