水中动力师不同于陆地作战部队，：所以机动战士编制也有所不同，机动战士编制：水中动力师：配置如下。

　　第一机动潜艇舰队：共有尤康级MS潜艇二十艘，卡特级MS潜艇十艘，魔鲨级MS潜艇五艘，剑鱼级MS潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

　　第二机动潜艇舰队：共有尤康级MS潜艇二十艘，卡特级MS潜艇十艘，魔鲨级MS潜艇五艘，剑鱼级MS潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

　　第三机动潜艇舰队：共有尤康级MS潜艇二十艘，卡特级MS潜艇十艘，魔鲨级MS潜艇五艘，剑鱼级MS潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

　　第四机动潜艇舰队：共有尤康级MS潜艇二十艘，卡特级MS潜艇十艘，魔鲨级MS潜艇五艘，剑鱼级MS潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

　　第五机动潜艇舰队：共有尤康级MS潜艇二十艘，卡特级MS潜艇十艘，魔鲨级MS潜艇五艘，剑鱼级MS潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

　　第六机动潜艇舰队：共有尤康级MS潜艇二十艘，卡特级MS潜艇十艘，魔鲨级MS潜艇五艘，剑鱼级MS潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

　　第七机动潜艇舰队：共有尤康级MS潜艇二十艘，卡特级MS潜艇十艘，魔鲨级MS潜艇五艘，剑鱼级MS潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

　　第八水上舰队：白令级MS运输舰五艘，基洛夫级巡洋舰七艘，丹尼斯级驱逐舰十五艘，斯坦级护卫舰二十艘，卡克拉级航母三艘。

　　第九水上舰队：白令级MS运输舰五艘，基洛夫级巡洋舰七艘，丹尼斯级驱逐舰十五艘，斯坦级护卫舰二十艘，卡克拉级航母三艘。

　　第十水上舰队：白令级MS运输舰五艘，基洛夫级巡洋舰七艘，丹尼斯级驱逐舰十五艘，斯坦级护卫舰二十艘，卡克拉级航母三艘。

　　第十一水上舰队：白令级MS运输舰五艘，基洛夫级巡洋舰七艘，丹尼斯级驱逐舰十五艘，斯坦级护卫舰二十艘，卡克拉级航母三艘。

　　第十二运输潜艇舰队：皮尔卡丹级运输潜艇二十艘，尔康级运输潜艇十艘，康纳级运输潜艇四艘，普罗伯级侦察潜艇五艘。

　　第十三运输潜艇舰队：皮尔卡丹级运输潜艇二十艘，尔康级运输潜艇十艘，康纳级运输潜艇四艘，普罗伯级侦察潜艇五艘。

　　海军陆战队：共五个旅，每旅拥有坦克营跟四个陆战机动营，每旅5500人。

　　二个治安维护机动战士大队，虽然不需要上前线，但依然配备了ZTC-50探测装甲车，一个大队共270人。

　　二个警戒MS加强大队，每个加强大队跟正常MS大队相比，多了一个中队的MS，ZTC-50探测装甲车也配备。

　　一个狙击机动战士大队，每个机动战士大队下属三个中队，每个大队还有ZTC-50探测装甲车。

　　一个侦察机动战士大队，每个大队下属三个中队，每个大队还有ZTC-50探测装甲车。

　　野战医院三个，拥有急救装甲车若干，急救手术装甲车若干及ZTC-40装甲车等等，

　　一个侦察旅，每个旅下属五个营，拥有装甲车等装备。

　　三个治安维护旅，每个旅下属五个营，拥有装甲车等装备。

　　六个工程维修旅，每个营下属五个营，拥有工程维修等装备。

　　七个后勤保障旅，每个旅下属五个营，拥有后勤保障等装备。

　　五个武装直升机旅，每个营下属五个营，拥有武装直升机等装备。

　　三个运输直升机营，每个营下属五个营，拥有运输直升机等装备。

　　三个陆地战舰营，每个营阿尔卑斯级陆地巡洋舰二艘跟一艘盖洛普级巡洋舰，每艘有五架机动战士跟一个机动装甲排。

　　还有一个特装陆地战舰营：每个营.达布德级火力巡洋舰五艘，这种火力巡洋舰无法装备机动战士。

　　另外水中动力师部还拥有参谋，通讯兵，警卫员等等人员。