联邦军在吉翁之前并没有机动战士跟机动战士编制，所以在战争爆发后，联邦军只能依靠海军部队跟吉翁战斗，所以初期的联邦军受到了很大的损失。。

　　第一水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第二水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第三水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第四水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第五水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第六水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第七水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第八水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第九水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第十水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第十一水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第十二水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第十三水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第十四水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第十五水上舰队：拥有基辅级航母三艘，威奇塔重型巡洋舰三艘，波特兰重型巡洋舰三艘，布鲁克林级轻型巡洋舰六艘，加兰级驱逐舰十艘。

　　第十六潜艇舰队：海狼级潜艇十艘，弗吉尼亚级潜艇三艘，俄亥俄级潜艇五艘。

　　第十七潜艇舰队：海狼级潜艇十艘，弗吉尼亚级潜艇三艘，俄亥俄级潜艇五艘。

　　第十八潜艇舰队：海狼级潜艇十艘，弗吉尼亚级潜艇三艘，俄亥俄级潜艇五艘。

　　第十九潜艇舰队：海狼级潜艇十艘，弗吉尼亚级潜艇三艘，俄亥俄级潜艇五艘。

　　第二十潜艇舰队：海狼级潜艇十艘，弗吉尼亚级潜艇三艘，俄亥俄级潜艇五艘。

　　第二十一潜艇舰队：海狼级潜艇十艘，弗吉尼亚级潜艇三艘，俄亥俄级潜艇五艘。(以上是太平洋主力舰队)

　　在联邦军太平洋主力舰队损失惨重之后，各个区域的联邦海军刚准备支援太平洋舰队，却受到了吉翁海降部队的攻击，也损失惨重，无力在维持治海权。

　　后来重新整编的联邦海军虽然在战争中期跟吉翁在太平洋开始进行海战，但依然没有消灭吉翁海军，只能保证普通船只能自由行驶。

　　因为没有冷战什么的，所以联邦海军，只将军舰改装升级。