叛逃木叶

　　在刚获得风魔一族的肯定后收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸

　　赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备偷取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽。（游戏火影忍者疾风传：究极忍者风暴-革命的设定）

　　加入晓之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上。相信在那时候，他的转生禁术即使还没完全成功，也接近成功了。在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，他试图夺取宇智波鼬的身体作转生容器，但被鼬的幻术击退。后来又因为与晓组织的目的不同最终离开晓。

　　后来他结集势力，在田之国建立了自己的忍者村－音忍者村，标记是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。他的重要部下有红莲（动画原创人物）、水月、重吾（北方据点）、香磷（南方据点）、药师兜、音忍五人众（即辉夜君麻吕、多由也、次郎坊、鬼童丸、左/右近）等。

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　　木叶崩溃行动

　　五十岁时他跟木叶的原盟友·第四代风影结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃行动”。他以部下药师兜作间谍潜入木叶忍村，而他自己也伪装成一名来自草忍的中忍试女考生混入该村。并于死亡森林中遇到宇智波佐助，由于打算以他的身体作转生容器，故给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他寻求力量。[7]

　　后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。他成功挑动起砂忍和木叶忍者之间的战斗后，立时撕下伪装，在由音忍四人众所维持的结界里，跟第三代火影挑战。[8]

　　在战斗前，大蛇丸以秽土转生禁术，将初代火影和二代目火影复活，跟自己合击第三代火影。战中，他在往日的师父面前露出自己的真面目，面具下一个不为人知的年轻貌美女人的脸，去证明自己的转生术已经成功，并已夺取了此女的身体作自己之用长达多年(此时大蛇丸虽然灵魂没变，但在生理上完全是个女人，无面具伪装时说话声音为此女的声音)。第三代火影见往日的弟子已经走火入魔，决定清理门户。

　　二人交战时初时不分上下，第三代火影虽被称为“最强火影”，但由于年迈力衰，功夫大不如年轻时期，无法招架，只好使用当年四代目火影封印九尾的忍术——尸鬼封尽，三代目火影用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，大蛇丸操纵草雉剑重伤第三代火影，最终未能完全封印大蛇丸，只封印了他的双手，使之无法结印。

　　他的双手被封印后，失去了使用忍术的力量（因为绝大部分忍术皆要以手结印和提炼查克拉才能使出），只好带领音忍撤退。砂忍其后才知道真正的风影已被大蛇丸所杀，就跟木叶重订和约。大蛇丸这场“木叶崩溃行动”，最终以失败告终。

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　　三忍大战

　　大蛇丸为了医治双手，他和手下兜主动去短册街找三忍的医疗圣手-纲手请求诊治。由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和情人复活(即秽土转生禁术)作交易条件，并以七日为限期。七日后双方再次交涉，但纲手拒绝了大蛇丸的提议，大蛇丸和兜见状露出了杀心。同时自来也和鸣人也赶到了现场。

　　期初大蛇丸利用纲手怕血这一弱点占据上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。

　　鸣人先于三忍大战对兜使用了刚学会的忍术-螺旋丸并成功重创了兜，但自己也因体力不支而昏倒。此时大蛇丸和自来也激战正酣，大蛇丸本想趁此机会解决掉鸣人，不想剑被纲手挡住，大蛇丸没能得逞。之后大蛇丸以及万蛇均被击败，大蛇丸和兜撤退。

　　这之后，大蛇丸因受不了原来女人身体双手被封印所带来的痛苦，故加紧派音忍四人众前往劝诱佐助投靠音隐村。佐助到来前，大蛇丸不得不抛弃已无法使用双手的美丽女人身体（因转生对灵魂有损伤，所以在容器还能用时，不会轻易转生。），临时以所捕忍者幻幽丸的身体进行灵魂转生。尽管之后牺牲了音忍四人众及拥有血继限界的君麻吕，但成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。

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