黑衣组织

　　首脑：

　　那位先生

　　黑衣组织的首领，被组织成员呼为“那位先生”，除此之外一切信息不明。

　　主要成员：

　　琴酒（Gin）

　　黑衣组织的干部。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。在组织中负责重要的交易、暗杀及铲除不合格的成员的任务。给新一灌下毒药使其身体变小的罪魁祸首。似乎对宫野志保（灰原哀）有莫名的情愫。

　　伏特加（Vodka）

　　经常跟随在琴酒身边的黑衣组织成员。

　　贝尔摩德（Vermouth，又译苦艾酒）

　　真实身份为美国的大明星莎朗·温亚德，诈死后将身份转换为自己的女儿克丽丝·温亚德。曾经试图追杀叛离组织的雪莉（灰原哀）。精于变装。由于在纽约受过新一和小兰的救命之恩，因此一直刻意保护两人。

　　基安蒂（Chianti）

　　组织的狙击手，与科恩搭档。很讨厌贝尔摩德。

　　科恩（Korn）

　　组织的狙击手。

　　基尔（Kir）

　　即CIA探员水无怜奈。

　　波本（Bourbon）

　　真实姓名为安室透，29岁，餐厅服务生，自称侦探，真实身份为组织成员波本，观察力与推理能力极强，被称为“神秘主义者”。赤井在组织卧底时期与他是竞争对手，因此相互反感。拜毛利小五郎为师，目的是调查基尔事件中，毛利是否与雪莉有关系。曾伪装成伤疤赤井来观察赤井是否已死。与贝尔摩德合作，欲将雪莉带回组织却任务失败（但误认为雪莉已死）。开始重新调查赤井之死，并对柯南的身份产生兴趣。已脱离组织。

　　沼渊己一郎

　　黑暗组织底层成员。组织原本想培训他成为杀手，后准备将其进行人体试验。逃脱后因强盗杀人被捕。后因想再看看萤火虫，谎称埋尸于群马深山中，伺机逃脱，之后又再次被捕。

　　已死亡：

　　龙舌兰（Tequila）

　　身材高大的关西大汉。后来被卷入某起案件而被炸死。

　　匹斯可（Pisco）

　　本名枡山宪三。曾经一度掌握了雪莉的所在，但后来由于射杀吞口议员的画面被拍下，而遭琴酒灭口。

　　卡尔瓦多斯（Calvados，又译苹果白兰地）

　　组织的狙击手。在一次行动中被赤井击伤后自杀。

　　宫野明美

　　宫野志保（灰原哀）的姐姐。组织的基层人员，为了让自己和妹妹脱离组织而参与了10亿元抢劫，但后来组织却出尔反尔，明美也被琴酒所杀。曾经和潜入组织卧底的赤井秀一交往。

　　宫野厚司

　　科学家，明美和志保的父亲。由于不明原因死亡。

　　宫野爱琳娜

　　明美和志保的母亲。由于不明原因死亡。

　　爱尔兰（Irish）

　　剧场版原创人物，登场于剧场版《漆黑的追踪者》。为了调查某个与组织成员有关的案件而被黑衣组织安插进警视厅搜查小组。通过指纹对比得知柯南身份。最后被基安蒂射杀。

　　楠田陆道

　　组织的卧底，为了寻找失踪的基尔而被组织安排装病住进杯户中央医院进行秘密调查，被识破后开车逃亡途中开枪自杀。